Pondok Pesantren Modern Muhammadiyah Boarding School (MBS) Pleret Bantul Yogyakarta awalnya merupakan sebuah Pondok Pesantren Muhammadiyah Pleret yang kemudian dikembangkan dan diintegrasikan dengan SMP dan SMA Muhammadiyah Pleret. Lembaga ini didirikan oleh Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pleret Bantul dan diresmikan pada tanggal 24 Agustus 2014 sebagai upaya untuk mencetak kader Muhammadiyah yang cerdas dan unggul dalam kepemimpinan, keulamaan dan kemandirian. Mulai tahun ajaran 2014/2015, MBS Pleret Yogyakarta telah menerima Peserta Didik Baru dari berbagai wilayah di Indonesia.
